Durch den EU-Beitritt Kroatiens kommt es ab Juli 2013 zu einigen Änderungen im Bereich der Umsatzsteuer. Kroatien selbst hat das innerstaatliche Umsatzsteuerrecht in den letzten Jahren bereits sukzessive an die EU-Richtlinien angepasst, sodass der Übergang weitgehend problemlos funktionieren sollte. Warenlieferungen und Dienstleistungen von und an kroatische Unternehmen unterliegen ab Juli 2013 den Regelungen für innergemeinschaftliche Erwerbe bzw. innergemeinschaftliche Lieferungen. Anpassungserfordernisse gibt es daher bei der Rechnungslegung, in der Buchhaltung sowie im Meldewesen.
Lieferungen an kroatische Unternehmen mit Versendungen von Österreich oder dem restlichen Gemeinschaftsgebiet nach Kroatien gelten nicht mehr als (steuerfreie) Ausfuhrlieferungen in Drittländer sondern als (unter gewissen Voraussetzungen ebenfalls steuerfreie) innergemeinschaftliche Lieferungen. Die Rechnung bei innergemeinschaftlichen Lieferungen weist keine Umsatzsteuer aus und muss zusätzlich zu den allgemeinen Rechnungskriterien die UID-Nummer des Leistungsempfängers sowie einen Hinweis auf die Steuerfreiheit enthalten. Im Falle einer innergemeinschaftlichen Lieferung müssen die Voraussetzungen der Steuerfreiheit buch- und belegmäßig nachgewiesen werden. Die steuerfreien innergemeinschaftlichen Lieferungen müssen in die Umsatzsteuervoranmeldungen bzw. Umsatzsteuer(jahres)erklärung aufgenommen werden. Für Dienstleistungen an kroatische Unternehmer, die am Empfängerort in Kroatien steuerbar sind, hat die Rechnung neben der UID-Nummer des leistenden Unternehmers und des Leistungsempfängers einen Hinweis auf den Übergang der Steuerschuld (Reverse-Charge-System) zu enthalten.
In den Buchhaltungssystemen sollten daher Vorkehrungen getroffen werden, dass die Leistungsbeziehungen mit kroatischen Unternehmen mit den korrekten Steuerschlüsseln hinterlegt sind sowie die entsprechenden Stammdaten in den Kunden- und Lieferantendatensätzen (UID-Nummer etc.) aktualisiert werden. Kroatische Unternehmen müssen ab 1. Juli 2013 eine UID-Nummer bekanntgeben. Zur Vermeidung von umstellungsbedingten Fehlern ist gerade am Beginn eine verstärkte Überprüfung der Richtigkeit der UID-Nummer des kroatischen Geschäftspartners zu empfehlen.
Sofern die innergemeinschaftlichen Warenbewegungen des österreichischen Unternehmens einen Wert von 550.000 € überschreiten (höherer Wert ab dem Berichtsjahr 2013), sind zusätzlich auch sogenannte INTRASTAT-Meldungen abzugeben. Ab Juli 2013 sind auch Warenbewegungen nach Kroatien in diese Meldungen aufzunehmen. Innergemeinschaftliche Lieferungen sowie Dienstleistungen, für die das Reverse-Charge-System zur Anwendung kommt, sind künftig in die monatlich abzugebende Zusammenfassende Meldung (ZM) aufzunehmen.